分子蒸餾設備在真空度控制方面，早期的控制方式是采用開環控制方式，這種控制方法存在較大的波動現象，隨著分離物質的純度需求不斷提高，由于這種真空度控制方法的穩定性差，很難達到較高純度需求，為了解決這一問題，使真空度穩定在某一預定值上，可以采用氣體流量控制器進行反饋控制，通過調節進氣量和出氣量達到保持穩定真空度的目的。

       如果真空度控制采用閉環控制，液環真空泵和旋片式真空泵只要保障真空度維持在負壓的情況下，通過串聯氣體流量控制器，利用氣體流量控制器保障整個分子蒸餾設備的真空度穩定。
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